Năm 1984, ở tuổi 32 Lý Hiển Long khởi đầu sự nghiệp chính trị của mình. Được cha ông, Lý Quang Diệu, bổ nhiệm vào chức vụ quốc vụ khanh thuộc bộ thương mại và công nghiệp và bộ quốc phòng vào tháng 12 năm 1984, sau đó ông trở thành quyền Bộ trưởng Thương mại và Công nghiệp năm 1986, và sau đó là thứ trưởng bộ quốc phòng.

Tháng 1 năm 1987, vấn đề chủng tộc trở nên gay gắt khi những người gốc Mã Lai bắt đầu tra vấn các dân biểu quốc hội tại sao có quá ít người gốc Mã Lai nắm giữ các vị trí then chốt trong lực lượng vũ trang Singapore (SAF). Lý Hiển Long, khi ấy là bộ trưởng thương mại và công nghiệp kiêm thứ trưởng bộ quốc phòng, phát biểu rằng SAF không cần có những quân nhân nắm giữ các chức vụ mà lòng trung thành của người lính có thể xung đột với những tình cảm tôn giáo và chủng tộc.